APM飞控程序是开源的，我们可以对某一版本的APM飞控程序进行修改做二次开发。当对APM程序二次开发完成后就要将修改的APM程序编译上传到APM飞控板子中。下面就是介绍如何使用“ArduPilot-Arduino-1.0.3-windows”编译、上传APM程序。

1,下载APM飞控程序编译环境（IDE）－－“ArduPilot-Arduino-1.0.3-windows”，注意不要使用其他版本的Arduino编译环境。
2，下载一个APM飞控程序，例如：ArduPlane-2.75。另外“ArduPilot-Arduino-1.0.3-windows”文件夹与飞控程序文件夹放在一个文件夹中，文件夹的命名最好都是用英文。

3，使用“ArduPilot-Arduino-1.0.3-windows”时，打开该文件夹，直接双击“arduino”图标使用，无需安装。“ArduPilot-Arduino-1.0.3-windows”的设置：

tool-->board: Arduino mega 2560 or mega ADK;
tool-->programmer: AVRISP mkII
ArduPilot-->: HAL board: Ardupilot mega 2.X（现在使用的APM2.0-2.5-2.6等）
File-->reference-->Sketchbook 选为要编译的飞控程序文件夹，每次更改后点OK，并关掉Arduino 1.0.3 再打开，这时再选File-->Sketchbook中一项进行编译。

例如，对File-->Sketchbook中ArduPlane进行编译，点击工具栏中“对号”图标开始编译，没有错误大约1分钟就能编译结束。编译完成之后将APM通过数据线连接到电脑上（编译时就连接也可以），选择Board-->serial-port 选择APM的接口。之后点击工具栏的“向右箭头”图标将编译好的程序写进APM，这样就完成了一次对APM飞控程序的刷新。
现在的APM飞控程序不经删减，编译后的大小很容易超过248KB（256KB总内存-8KB的Bootloader占用内存），当编译后大于248KB时不能上传到APM中否则会破坏APM的bootloader.