1、使用杀毒软件查杀病毒

第一种处理u盘中文件夹病毒的方法，是使用杀毒软件对整个u盘进行查杀病毒。首先将u盘插入电脑，打开杀毒软件，选择全盘扫描，等待扫描完成后，将所有扫描结果进行查看，找到所有含有病毒的文件或文件夹，进行删除或隔离处理。

需要注意的是，部分病毒会隐藏在u盘的系统目录或者是“.exe”、“.JS”等文件名不易察觉的文件中。因此，我们在对u盘进行查杀时，需要将显示隐藏文件和文件扩展名的功能打开，以确保杀毒软件可以彻底查杀所有病毒。

2、手动删除病毒文件

第二种处理u盘中文件夹病毒的方法，是手动删除病毒文件。首先，需要在电脑的“文件资源管理器”或“我的电脑”中，打开u盘的根目录，找到所有被病毒感染的文件或文件夹，并手动将其删除。

需要注意的是，有些病毒会通过隐藏文件或者修改文件名的方式进行伪装，这就需要我们在删除文件时仔细观察文件属性，确保没有误删重要文件，并且彻底删除所有可能被感染的文件和文件夹。

3、格式化u盘

第三种处理u盘中文件夹病毒的方法，是通过格式化u盘来清除所有病毒。需要注意的是，对u盘进行格式化会将所有文件和文件夹清空，因此在操作前需要将重要文件备份保存。

对于常规的u盘格式化，我们可以在电脑的“文件资源管理器”或“我的电脑”中，选择u盘的盘符，右键点击后选择“格式化”命令，并按照提示完成格式化操作即可。

需要注意的是，有些病毒会修改u盘的引导记录或分区表，导致u盘无法被正常格式化。这种情况下，可以尝试使用低级格式化工具进行格式化，但是这种操作有一定风险，需要谨慎处理。

4、加强u盘安全防范措施

最后，为了避免u盘中病毒的再次感染，我们需要加强u盘的安全防范措施。具体措施如下：

1）安装杀毒软件，并定期对u盘进行查杀。

2）禁止随意从他人处复制文件到u盘中，特别是没有经过杀毒处理的文件。

3）使用加密技术对u盘中的重要文件进行加密，以防止泄露风险。

4）及时备份重要资料，以免病毒或误操作造成数据损失。