FPKM和基因表达量的关系,FPKM值大概多少算基因表达了
基因表达量纵坐标计算之后,可以根据其值分组。
输入格式:
基因id un 003324 un 004629 un 011750 un 013498 un 016818 un 018363 un 018537 un 019619 un 019632 un 026711 un 054416 un 056756 un 058273 root _ Z10 _ mean 0.00 0 0.00 0 0.00 0 0.00 stem _ z60叶_ Z10 _平均值0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00穗_ Z65 _均值0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0 0.00 0 0.00 0 0.00 0 0.00新_心皮0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0 0.00 0 0.00 0 0.00 0 0.00 0 0.00 0 0.00 0 0.00 0 0.00 0 0.00粒_ Z71 _平均值0.00.00.00代码:
#!/usr/bin/env python# -*-编码:utf-8 -*-with open(rna_seq.txt , r )as f:为f:if Geneid 中的行打印 Tissue t no t low t medium t high 不在行:line=line.strip().split()no=[]low=[]medium=[]high=[]for I in line[1:]:if float(I)0.02:no如果0.02=float(I)20:低,则追加(I)。如果20=float(I)50:medium,则追加(I)。如果float(I)=50,则追加(I):高。append(I)print“% s t % d t % d t % d t % d t % d t % d %(第[0]行),len(否),len(低),len(中