mirna表达谱数据库,miRNA数据分析

　　miRNA数据库——mirBase(序列数据库)mirBase是曼彻斯特大学研究人员开发的一个在线MiRNA数据库(序列数据库)。该数据库包含来自200多个物种的近40，000个mirna的信息，是最全面的mirna数据库。该网站如下

　　http://www.mirbase.org/index.shtml

　　主页：

　　:导航栏

　　主页：主页

　　搜索：有很多方法可以搜索miRNA。

　　浏览：miRNA可以按物种搜索

　　帮助：帮助信息

　　下载：下载页面

　　博客：miRBase日志

　　提交：注册一个新的miRNA

　　:搜索栏

　　: mirbase数据更新日志

　　: miRNA数据库版本号和当前包含的miRNA条目数

　　: miRNA搜索栏：可以通过miRNA名称或关键字搜索miRNA(基本同)

　　:下载链接

　　::miRBase数据库介绍

　　:参考文献(发表miRBase结果时应引用相关参考文献)

有关miRNA信息检索可以查看这一篇文章：

　　使用miRBase数据库的教程

　　我们可以很容易地搜索和浏览这个数据库中的信息。以人类为例，在浏览菜单中可以检索到人类所有的miRNA前体，如下图。

　　代表ID miRNA前体的名称，Accesion代表miRNA前体的编号；RPM是Reads perl million mapped的缩写，代表miRNA前体的表达水平；染色体、起点、终点和链表示miRNA前体的染色体位置信息，置信度表示可靠性。

　　以hsa-let-7a-1为例。单击链接查看详细信息。在详细信息页面，您可以获得该miRNA前体的基因、序列、茎环等信息。

　　还可以看到这个miRNA前体产生的两个成熟的miRNA序列和对应的靶数据库，如下图。

　　MiRNA靶注释可以分为以下两类

　　1.通过验证目标实验验证了目标结果，相应的数据库如下

　　mirbasetarbase 2 . predicted targets软件预测的结果，以及相应的数据库如下

　　戴安娜-麦特

　　微小RNA。（同organic）有机

　　MIRDB

　　RNA22-HSA

　　目标矿工

　　该数据库可以免费下载，ftp地址如下

　　ftp://mirbase.org/pub/mirbase/CURRENT/

　　下载的整体数据集示例：

　　你可以根据你想要的来筛选。筛选方法有：

　　选择python中包含列表中某一列的特定字符的所有行。

　　python3如何筛选excel中的特定行(行中的值满足某个条件/行中的值属于某个集合)

参考来源：

　　作者：盛鑫实践手册

　　链接：https://www.jianshu.com/p/b057f152759f

　　来源：简书

　　作者：MedBioInfoCloud(MedBioInfoCloud)

　　链接：https://cloud.tencent.com/developer/article/1481947

　　来源：微信微信官方账号