生信分析软件都有哪些,生信分析系统

  生信分析软件都有哪些,生信分析系统

  生物信息分析或生物医药健康大数据分析极其复杂或困难。sixclock尝试使用简单的界面和从简单到拖动的步骤来分析数据。

  后面会详细讲解sixoclock的运行机制,并用一个案例演示通过sixoclock处理数据的过程。可以点击文末

六点了

跳转网址。

  什么是sixoclock?

  下载六点钟客户端软件

  从六点钟仓库下载软件

  通过客户端运行下载的软件。

  1.六点是什么?

  Sixoclock是一个云协作平台,提供可重用、模块化和可视化的生物医学数据处理算法。使用sixoclock可以快速获得可靠的数据处理软件和流程,并通过在线可视化参数配置界面设置和下载软件参数。利用本地计算设备,一键下载,一键操作即可完成。

  2.下载六点钟的软件运行六点钟平台,需要安装六点钟客户端。sixoclock基于docker(需要root或docker运行权限)或udocker(不需要root权限,但部分软件无法正常运行)。要运行该软件,您的计算机中需要安装docker或udocker。运行安装程序将引导您安装这些依赖环境。

  2.1 windows用户

  双击程序installer.exe完成安装。有关详细信息,请参考Sixbox windows [2]的用户说明。

  2.2 linux用户运行bash Sixbox_linux64_latest.sh命令完成安装。详情请查阅Sixbox linux版本[3]的操作说明。

  3.从六点钟仓库下载软件,登录访问六点钟软件仓库[4],搜索需要的软件。

  单击选中的软件项进入软件详细信息页面,该页面提供基本信息、说明和软件结构。其中,

  软件结构和参数配置面板提供了软件参数的详细介绍。可以点击下面软件结构图中的图标查看。

  页面右上角的下载按钮提供了软件主文件的下载,有json和yaml两种格式。你可以选择一个下载。

  设置按钮提供软件运行参数的在线配置功能。对于大多数用户,建议您以这种方式配置软件。点击设置按钮,开始配置软件的运行参数。

  以samtools-faidx的参考基因组索引为例,点击input_f图标,设置参考基因组路径。

  用户可以下载hg19.chr21.fasta[5]进行测试,

  本例输入本地下载后的路径,D:Downloadshg19.chr21.fasta完成该参数的配置。

  点击下载,选择下载数据,完成软件和参数配置文件的下载。

  这里建议点击主文件同时下载软件和参数配置文件,下载结果会是一个zip包。

  4.通过客户端运行下载的软件。从sixoclock下载的软件需要和客户端软件一起运行。可以去下载中心[6]下载相应的版本安装程序。

  4.1 windows用户对于一般的windows用户,我们提供了一个简单的可视化运行软件。具体可以去Sixbox[7]了解。

  4.2 Python用户对于Python用户,我们建议您下载sixoclock官方包sixrunr[8]来运行下载的软件,

  可以通过pip安装sixrunr,

  Install SixRunr以上节下载的运行samtools-faidx为例,在终端(linux系统)或命令提示符(windows系统)运行命令:

  xrunr c: users 6 oclock downloads Sam tools-faidx . cwl c: users 6 oclock downloads Sam tools-faidx . job . YAML其中,

  Samtools-faidx.cwl是从sixoclock软件仓库下载的Samtools-faidx软件主文件,

  Samtools-faidx.job.yaml是为软件的相应用户可视化配置的运行参数。

  4.3 linux用户对于linux用户,下载安装Sixbox linux版本后,终端运行命令:

  sixbox run/home/test/Sam tools-faidx . cwl Sam tools-faidx . job . YAML其中,

  Samtools-faidx.cwl是从sixoclock软件仓库下载的Samtools-faidx软件主文件,

  Samtools-faidx.job.yaml是为软件的相应用户可视化配置的运行参数。

  4.4检查结果

  软件的成功运行将生成输出文件路径摘要结果和运行日志。

  以windows cmd窗口运行为例(其它平台类似),最终结果为:

  信息[职务文档_步骤_0_]已完成成功信息[步骤文档_步骤_ 0 _]已完成成功信息[工作流]已完成成功{ fai :{ location : File:///C://Users/6 oclock/hg19。chr 21。法斯特。fai ,基本名称: hg19。chr 21。法斯特。fai , class: File , checksum : sha1 $ 958740059 cbb 43 C 539 f 7 b 89 a49 a 7 f 60 D5 C4 B3 ,大小至此,一个完整的数据处理过程结束了,您可以开始尝试处理自己的数据。

  参考文献[1]下载中心:http://www。六点钟。净/下载中心

  [2]六格窗版使用说明:http://www。六点钟。网络/支持中心/六框窗口

  [3]Sixbox linux版使用说明:http://www。六点钟。net/support-center/six box-Linux

  [4]六点钟软件仓库:http://www。六点钟。网络/应用程序/管道

  [5]hg19。chr 21。fasta:http://www。六点钟。net/resources/data/NGS/智人/Reference/hg19。chr 21。序列相似性搜索工具

  [6]六个runr:https://pypi。组织/项目/六个runr/

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