ADNI数据库,adni数据集下载

　　之前编制数据的相关内容

　　数据形态是临床数据。

　　遗传学(遗传数据)

　　核磁共振成像

　　宠物

　　生物样本(生物样本)

　　每个模态数据

Clinical Data

的内容和特征

　　内容：招募数据、人口统计数据、体检数据和认知评估数据。完整的临床数据集可作为逗号分隔值(CSV)文件批量下载。

基因数据

　　内容：受试者的基因分型和测序数据，数据格式：CSV，VCF，BAM。

　　基因分型数据：

　　APOE基因分型- CSV

　　TOMM40 PolyT变体- CSV

　　全基因组测序数据：

　　WGS SNV因德尔VCF

　　WGS(卡萨瓦呼叫)SNV - VCF

　　序列比对数据- BAM(不可直接下载)

　　有VCF数据，但是数据量很大，而且是以g为单位。

　　VCF数据的完整表现应该是：

　　记录(chrom，pos，id，ref，alt，qual，filter，info，format，sample _ indexes，samples=none)其中：

　　CHROM:染色体名称，类型为str。

　　位置：基因座在染色体上的位置，类型为int。

　　ID:一般是变异的rs号，类型为str。如果是“.”，是一个都没有。

　　REF:该位点参考基因组的碱基，类型为str。

　　ALT:该位点的测序结果。是_AltRecord类的子类实例列表。类型列表。_AltRecord类有四个子类，代表几种类型的突变，如snp、indel、结构变异等。的所有实例都可以比较(只能相等比较，不能大于或小于)，有些子类不实现str方法，也就是说不能转换成字符串。

　　QUAL:这个站点的排序质量，类型是int或者float。

　　过滤器：过滤信息。通过用分号分隔筛选器列形成的字符串列表，类型为list。如果没有给定参数，则为None。

　　信息：该位点的一些测试指标。以“=”之前的参数作为键，以“=”之后的参数作为值，构建一个字典。字典类型

　　格式：基因型信息。保存vcf格式列的原始形式，类型为str。现在下载了一个更小的文件，数据量39.5 M(不知道当时是怎么找到的)。其中的信息呈条状，前十条记录如下：

　　Record(CHROM=gi 251831106 REF NC _ 012920.1 ，POS=3，REF=T，ALT=[C])Record(CHROM=gi 251831106 REF NC _ 012920.1 ，POS=41，REF=C，ALT=[T])Record(CHROM=gi 251831106 REF NC _ 012920.1 ，POS=42

　　import vcfimport osvcf _ file= adni _ mito _ genomes . vcf vcf _ reader=vcf。reader(filename=vcf _ file)I=0 for record in vcf _ reader:print(record)if I==10:break I=1

读取方式

　　内容：原始，预处理和后处理的图像文件，FMRI和DTI。

　　数据格式：MRI(结构、扩散加权成像、灌注、静息状态序列)

　　可用图像数据

　　图像的例子

　　下载数据示例(已处理):

　　名称：ADNI1_Complete_2Yr_1.5T

　　格式：NiFTI

　　尺寸：22.5米

　　尺寸：192 * 192 * 160

　　类型：T1

　　制造商：西门子

　　成像信息：

　　采集平面=矢状面；采集类型=3D线圈=HE场强=1.5特斯拉；翻转角=8.0度；制造商=西门子；矩阵X=192.0像素；矩阵Y=192.0像素；矩阵Z=160.0Mfg型号=Symphony像素间距X=1.25mm；像素间距Y=1.25mm；脉冲序列=IR/GR；切片厚度=1.2000000476837158mm；TE=3.609999895095825 msTI=1000.0毫秒；TR=3000.0 ms加权=T1

　　芒果可以用来直接显示图片，效果如下

　　名称：ADNI1 _基线_3T _ 3t

　　格式：NiFTI

　　尺寸：22.5米

　　尺寸：192 * 192 * 160

　　制造商：通用医疗系统公司

　　类型：T1

　　成像信息：

　　采集平面=矢状面；采集类型=3D线圈=8HRBRAIN场强=3.0特斯拉；翻转角=8.0度；制造商=GE医疗系统公司；矩阵X=256.0像素；矩阵Y=256.0像素；矩阵Z=166.0制造型号=SIGNA EXCITE像素间距X=1.0156199932098389mm；像素间距Y=1.0156199932098389mm；脉冲序列=RM切片厚度=1.2000000476837158mm；TE=2.8399999141693115 msTI=900.0 msTR=6.616000175476074 ms加权=T1

　　芒果可以用来直接显示图片，效果如下

　　在ADNI的扫描是在两种不同的特斯拉扫描仪上进行的，即飞利浦医疗系统和西门子。

　　飞利浦医疗系统扫描的EPI序列为144卷，场强=3.0特斯拉，翻转角=80.0，TE=30.0ms，TR=3000.0ms，6465矩阵，6720.0层静态fMRI，厚度3.31 mm。

　　飞利浦医疗系统扫描仪扩展静息fMRI的EPI序列为：200体积，场强=3.0特斯拉，转角=90.0，TE=30.0 ms，TR=3000.0，64 65矩阵，9600.0层厚=3.31 mm。

　　对于西门子扫描仪，EPI序列为197卷，场强=3.0特斯拉，翻转角=80.0度，TE=30.0ms，TR=2999.99，448448矩阵，197层厚3.4mm。

　　(此处显示的信息与下载的处理信息TE不一致)

　　Python代码示例

　　import skim age . io as io import ni Abel as nib import numpy as NP import randomnii _ file= 1 . NII Img=nib . load(NII _ file)Img _ arr=Img . get _ fdata()Img _ arr=NP . squeeze(Img _ arr)#随机选择一张图片。img _ arr1=img _ arr [:random.randint (0，img _ arr.shape [2]] #数据规格化为[0，1]print(img _ arr . shape)img _ arr 1=(img _ arr 1-NP . min(img _ arr))/(NP . max(img _ arr)-NP . min(img _ arr))io . im show(img _ arr 1)io.