lefse分析中文,lefse分析的数据格式

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  首先是安装lefse。

  由于lefse是在较早的环境下使用,建议安装在康达虚拟环境下,可以省去很多麻烦。

  一个create-n lefse Python=2.7 Python=2.7 # Python这里是2.7,否则会把环境卡死。安装完成后,进入环境,安装lefse。

  自动安装lefse(如源激活lefse conda安装lefse)完成后,可使用lefse-plot_cladogram.py调用绘图。详情请参考bioconda官方文件。

  Lefse安装说明

  另外,如果完全按照这个程序来做,会报错没有axis_bgcolor()参数。最初的想法是去lefse-plot_cladogam.py,把这个参数axis_bgcolor()改成facecolor()。但是试了一下,发现不仅bgcolor参数被改了,很多参数都变了。如果只改变这一个图形,还是会很奇怪。

  后来发现是matplotlib的版本问题,可以通过降低版本来解决。

  直接降级到最早版本会报错。

  /usr/include/time.h: 37: 10:致命错误:bits/types/clock _ t.h:没有这样的文件或目录。找了半天,发现1.5.3版本还是可以用的。(之后更新到2.0,大概所有的大改动都发生在这里)。

  卸载matplotlib并在lefse环境中重新加载

  Pip卸载matplotlibpip安装matplotlib==1.5.3正常安装完成。

  再试一次。

  lef se-plot _ clad gram . py test . restest . SVG正常。

  之后再换颜色,比较简单。

  进入envs目录,然后找到lefse-plot_cladogram.py打开,前面有一段文字。

  colors=[r , g , b , m ,[1.0,0.5,0.0],[0.0,1.0,0.0],[0.33,0.125,0.0],[0.75,0.75], k]dark_colors=[[0.4,0.0,0.0,0.0],[0.0,0.2,0.0],[0.0,0.0,0.4

  对应关系应该从上到下改变。

  对了,lefse的照片真的很好看。

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