lefse分析中文,lefse分析的数据格式

　　首先是安装lefse。

　　由于lefse是在较早的环境下使用，建议安装在康达虚拟环境下，可以省去很多麻烦。

　　一个create-n lefse Python=2.7 Python=2.7 # Python这里是2.7，否则会把环境卡死。安装完成后，进入环境，安装lefse。

　　自动安装lefse(如源激活lefse conda安装lefse)完成后，可使用lefse-plot_cladogram.py调用绘图。详情请参考bioconda官方文件。

　　Lefse安装说明

　　另外，如果完全按照这个程序来做，会报错没有axis_bgcolor()参数。最初的想法是去lefse-plot_cladogam.py，把这个参数axis_bgcolor()改成facecolor()。但是试了一下，发现不仅bgcolor参数被改了，很多参数都变了。如果只改变这一个图形，还是会很奇怪。

　　后来发现是matplotlib的版本问题，可以通过降低版本来解决。

　　直接降级到最早版本会报错。

　　/usr/include/time.h: 37: 10:致命错误：bits/types/clock _ t.h:没有这样的文件或目录。找了半天，发现1.5.3版本还是可以用的。(之后更新到2.0，大概所有的大改动都发生在这里)。

　　卸载matplotlib并在lefse环境中重新加载

　　Pip卸载matplotlibpip安装matplotlib==1.5.3正常安装完成。

　　再试一次。

　　lef se-plot _ clad gram . py test . restest . SVG正常。

　　之后再换颜色，比较简单。

　　进入envs目录，然后找到lefse-plot_cladogram.py打开，前面有一段文字。

　　colors=[r ， g ， b ， m ，[1.0，0.5，0.0]，[0.0，1.0，0.0]，[0.33，0.125，0.0]，[0.75，0.75]， k]dark_colors=[[0.4，0.0，0.0，0.0]，[0.0，0.2，0.0]，[0.0，0.0，0.4

　　对应关系应该从上到下改变。

　　对了，lefse的照片真的很好看。